小麦茎基部叶鞘受害后颜色渐变为暗褐色,无云纹状病斑,易与小麦纹枯病区别。随病程发展,茎基部节间受侵染变为淡褐色至深褐色,田间湿度大时,茎节处、节间生粉红色或白色霉层,茎秆易折断。发病植株一般在基部1-3节甚至更多变为褐色或咖啡色。潮湿条件下,茎秆上特别是茎基部出现红色或白色的霉层。进入5月上旬,发病严重植株的叶片开始枯死,严重时整株枯死,麦穗出现枯白现象,籽粒逐渐停止灌浆,瘪小,严重影响产量。小麦茎基腐病最早出现在11月中下旬,地面以上叶面发黄,茎基部出现褐变;初春返青期小麦生长加快,抗寒力下降,诱发茎基腐病发生;4月下旬至5月上中旬,气温上升,加之降雨影响,为茎基腐病多发期。