番茄生产管理主要病害有病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病、溃疡病、青枯病、枯萎根腐病、灰叶斑病和斑疹病等。虫害主要包括蚜虫、温室白粉虱、棉铃虫、菜青虫、飞虱、钻心虫、茶黄螨、红蜘蛛、小地老虎、蝼蛄和根结线虫等。
虫害以植株的汁液为食，持续危害会影响枝叶和果实的正常生长和发育。茶黄螨、白粉虱等还是温室大棚病毒病和煤污病流行的重要传播源，严重时会导致番茄失去食用价值。防治虫害主要采用喷施高效杀虫剂的方法，如高效氯氰菊酯、哒螨灵、蚜虱净等，针对小地老虎、蝼蛄、根结线虫等，可在施肥阶段使用一管到底杀虫药肥进行冲施，有效预防土传病害。
病害在粗放管理、温室种植条件下易发，常见病害包括根腐病、茎基病、叶斑病、青枯病和早疫病等。青枯病、枯萎病、根腐病、茎基病等病菌通过病残体在土壤中越冬，需加强种植管理以降低病害发生率。
