棉花炭疽病的初侵染源主要为带菌的种子，棉籽带菌率通常为30%~80%。种子萌发时病菌开始危害，通过风、雨、昆虫、灌溉水传播病菌，再侵染无病的棉苗。病菌还可随病残体落入田间使土壤带菌。在铃期通过风雨飞溅侵染棉铃，形成棉铃炭疽病，使棉籽带菌，成为翌年的侵染源。土壤水分过多，空气相对湿度在85%以上，危害加剧；空气相对湿度低于70%时则不利于发病。连阴雨会导致温度下降，不利于棉苗生长，易于病害流行。苗期持续低温多雨，铃期平均气温25-30℃，长期高温，均可导致病害严重发生。田间死苗高峰期常在苗出土后16天内，长出真叶后病死苗显著减少。棉铃幼龄阶段发病率低，棉铃日龄在25天以上容易发病，栽培粗放、虫伤等均有利于病害的发生。
气候条件是影响棉苗病害发生的主导因素，病菌的生长繁殖及侵染需要较高湿度，阴雨天多最适棉苗病害发生。棉种质量差，籽粒不饱满，生活力弱，播种后出苗缓慢，棉苗生长衰弱，易遭受病菌侵染，发病重。连作多年的棉田，土壤中积累大量病菌，翌年初侵染来源多，发病较重，连作年限越长，发病越重。
病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。病部产生分生孢子借风雨、昆虫及灌溉水传播。棉铃染病病菌侵入棉籽。发病的叶、茎、叶落入土中，造成土壤带菌，引起苗期发病，又可经雨水冲溅侵染棉铃，引起发病。
