小麦根腐病幼苗期发病程度主要与耕作制度、种子带菌率、土壤温湿度、播期和播种深度等因素有关。成株期发病程度取决于品种抗性、菌源量和气象条件。由于地块常年连作，土壤中存在大量病菌，农户在种植时不注重土壤消毒，病菌连年积累，导致根腐病频发且逐年加重。未进行药剂拌种、旱涝灾害、未适期播种、田间管理不当等都对小麦根腐病有促进作用。不耐寒或返青后遭受冻害的麦株容易发生根腐，高温多湿有利于地上部分发病，24—28℃时叶斑的发生和坏死率迅速上升，25—30℃时有利于穗枯发生。重茬地块发病逐年加重。
小麦根腐病发病条件包括种子带菌、施肥不当、天气较差、根系受损、重茬种植等。带菌种子未用杀菌剂拌种处理，导致病菌侵入根系。使用未腐熟的农家肥成为病害侵染源。连续多雨、低温等不良天气使抵抗力较弱的小麦易患病。根系因伤口、断裂等情况感染根腐病。土壤湿度过高或过低不利种子发芽与幼苗生长，受害严重。土壤干旱，幼苗失水抗病力下降；过湿时土壤内氧气不足，幼苗生长衰弱，抗病力下降，使出苗率减少，苗腐病加重。5cm土层地温高低对苗腐有影响，温度高病情重。土壤黏重或地势低洼也使病情加重。种子带菌率越高，幼苗发病率和病情指数越大。小麦多年连作，苗期和后期病害均重。过迟播种不仅产量低，幼苗根腐病也重。适期早播不仅产量增高，苗腐病明显减轻。幼苗根腐病发生程度随播种深度加深而增加，小麦播种适宜深度为3-4厘米，超过5厘米对幼苗出土与长势不利，病情明显加重。
