增加土壤有机质，改良土壤促进团粒结构形成，避免养分流失，起到保肥效果。秸秆还田使以往因运走秸秆带走的那部分养分回归到土壤中，减少了土壤养分损失。有机质为土壤微生物和动物提供了食物和能量，增加其活性，从而增加土壤中有效养分。有机质中氨基酸、腐殖酸等大分子物质是一种很好的鳌合物，可以减少被土壤固定的大量及微量元素。增加土壤有机质含量，提高土壤的缓冲性能，避免连续施用化肥对土壤pH的影响。秸秆直接还田或间接还田表明，无机肥的增产效果特别明显，而施用有机物料更主要的作用是改善土壤的物理、化学性质，培肥地力。秸秆对土壤有机质的保持和提高好于土粪，土粪好于牛粪。与单施化肥比，有机无机肥料配合施用可使土壤易氧化有机质增加10.91%～20.67%，并且能改善土壤的N、P、K营养状况、土壤水分和土壤孔隙状况，标志着土壤有机质活性的提高和土壤肥力状况的改善。因此，应大力提倡玉米秸秆秋季直接还田，其最佳施入量为当年生产量的30%～50%。