番茄常见虫害有棉铃虫、瓜绢螟、白粉虱、烟粉虱、茶黄螨等。一旦发生虫害，就会影响番茄的商品价值，严重还会引起番茄死株现象。平时一定要做好病虫害预防工作，发现虫害也要及时处理。番茄病害包括病毒病、叶霉病、早疫病、晚疫病、灰霉病、青枯病、枯萎病、溃疡病、脐腐病、畸形果、裂果病、2，4-D药害、果实筋腐病等。辣(甜)椒也会感染病毒病。
畸形果表现症状：番茄生长发育过程中，由于各种不适环境条件引发生理障碍，使果实发育不能保持其品种特有的果型。日灼病表现症状：发病部位为果实的向阳面，尤其是果肩部，发生时期为转色期，果实由红色逐渐褪色变白，继而形成黄褐色斑块。裂果症表现症状：番茄裂果可分横向裂果和纵向裂果两种类型，纵向裂果以果蒂为中心，向果肩部延伸，呈纵向深裂。生理性卷叶表现症状：番茄采收前或采收期，第1果穗以下叶片稍卷，逐渐发展成全株叶片呈筒状，变脆，使光合作用效率降低或果实直接暴露于阳光下。
番茄生产过程中经常出现生理性病害，对产量和品质影响很大。最常见有畸形果、空洞果、脐腐病、裂果、筋腐病、日灼病、着色不良等。生长点停止生长，花数少，弱花，小花或一整穗没有出现，不易坐果，畸形果，扁形果，开裂漏籽，空洞果，显网果，叶片发黄，叶片扭曲，蕨叶状。
