瓜疫病是一种真菌性病害，病菌在土壤中越冬，也可以感染种子，在种子上越冬。来年春天气温回升，病菌侵入丝瓜，引起发病，并借助风和水流传播。阴雨连绵或浇水过多会导致病害流行爆发。病害一般在丝瓜刚坐果时发生，果实膨大期最为严重，夏季高温多雨时传播速度快，危害严重。
病菌以菌丝体和卵孢子随病残体组织遗留在土中越冬，翌年菌丝或卵孢子遇水产生孢子囊和游动孢子，通过灌溉水和雨水传播到甜瓜上，萌发芽管，产生附着器和侵入丝穿透表皮进入寄主体内。遇高温高湿条件2～3天出现病斑，其上产生大量孢子囊，借风雨或灌溉水传播蔓延，进行多次重复侵染。
病菌以两种方式产生孢子囊：一是从气孔抽出较短的菌丝状孢子囊梗，顶端形成孢子囊；二是由气孔抽出菌丝，菌丝分枝，在分枝上长出菌丝状孢子囊硬，顶端形成孢子囊。48、72、96小时后平均每1平方厘米叶片两面产生孢子囊数量分别为24.2、95.3、254.8个。接菌后孢子囊释放出游动孢子在叶面上静止2小时后萌发或孢子囊直接萌发长出芽管，开始从气孔保卫细胞间隙侵入，菌丝在叶片细胞间和细胞内扩散，也有从气孔伸出菌丝，再从气孔侵入或在叶面上扩展蔓延，经几天潜育即显症。
甜瓜疫病发生轻重与当年雨季到来迟早、气温高低、雨日多少、雨量大小有关。发病早气温高的年份，病害重。一般进入雨季开始发病，遇有大暴雨迅速扩展蔓延或造成流行。生产上与瓜类作物连作、采用平畦栽培易发病，长期大水漫灌、浇水次数多、水量大发病重。
