辣椒疮痂病发病初期，可选用以下药剂防治：72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液、47%加瑞农可湿性粉剂600倍液、60%琥乙磷铝可湿性粉剂500倍液、新植霉素4000-5000倍液、14%络氨铜水剂300倍液、1:1:200波尔多液、65%代森锌可湿性粉剂或200毫克/千克新植霉素。以上药剂任选一种，交替使用，每隔7-10天喷一次，视病情连喷2-3次。
防治方法：①实行轮作，与非茄科蔬菜轮作2-3年。②在无病新土育苗，以防种子带病菌。③种子消毒，种子先用冷水浸2-3小时后，用50℃温水浸种30分钟，再放入冷水中冷却，然后催芽播种。④高畦种植，避免积水，做到下雨地里不积水。
