内置式秸秆生物反应堆通过将反应堆置于土壤中，在生物菌种的作用下进行好氧发酵，为农作物提供营养物质和热量。技术要点包括科学处理菌种和标准化建造与应用。菌种使用前需进行预处理，按1千克菌种掺20千克麦麸、18千克水的比例，先将菌种和麦麸干拌，再加水拌匀，堆积4~5小时后使用。未用完的菌种应存放于室内或阴凉处，存放时间不宜超过3天。操作时需做到“三足、一露、三不宜”：“三足”指秸秆用量足、菌种用量足、第一次浇水足；“一露”指内置沟两端秸秆露出茬头；“三不宜”指开沟不宜过深、覆土不宜过厚、打孔不宜过晚。菌种用量按每吨秸秆1千克的标准测算，不同内置式反应堆每亩菌种用量为：行下内置式和行间内置式6~8千克，穴中内置式和追加内置式4~5千克。