水稻胡麻斑病在高温高湿、有雾露存在时发病重，贫瘠缺钾肥、土壤为酸性或砂质土漏肥漏水严重的田块，缺水或长期积水的田块发病重。防治措施包括：
1.农业防治。选择无病田留种，及时处理销毁病稻草，深耕灭茬，压低菌源。按水稻需肥规律，采用配方施肥技术，合理施肥，增加磷钾肥及有机肥，特别是钾肥的施用可提高植株抗病力。酸性土要注意排水，并施用适量石灰，以促进有机肥物质的正常分解，改变土壤酸度。实行浅灌、勤灌，避免长期水淹造成通气不良。
2.种子消毒处理。稻种在消毒处理前，最好先晒1~3天，以促进种子发芽和病菌萌动，利于杀菌。之后用风、筛、簸、泥水、盐水选种，然后消毒。
3.药剂防治。重点在抽穗至乳熟阶段的发病初期喷雾防治，以保护剑叶、穗颈和谷粒不受侵染。有效药剂有50%菌核净、50%菌霜(菌核净+福美双)、稻瘟灵、三环唑或肟菌戊唑醇等。