花椒主要病害有锈病、落叶病、煤污病、炭疽病、流胶病、溃疡病、枯梢病、枝枯病、黑胫病、叶斑病、干腐病、膏药病等。主要虫害有蚜虫、红蜘蛛、半跗线螨、介壳虫、食心虫、吉丁虫、凤蝶、金龟子、吹棉蚧、桑白蚧、蜗牛、天牛等。