小麦条锈病菌主要以夏孢子在小麦上完成周年的侵染循环,转主寄主为小檗。其侵染循环可分为越夏、侵染秋苗、越冬及春季流行四个环节。在中国甘肃的陇东、陇南、青海东部、四川西北部等地,夏季最热月份旬均温在20℃以下的地区越夏。秋季越夏的菌源随气流传播到中国冬麦区后,遇有适宜的温湿度条件即可侵染冬麦秋苗,秋苗的发病开始多在冬小麦播后1个月左右。秋苗发病迟早及多少,与菌源距离和播期早晚有关,距越夏菌源近、播种早则发病重。当平均气温降至1~2℃时,条锈菌开始进入越冬阶段。立春后气温逐渐升高,则危害逐渐加重。5月份高温多湿,发病危害最重。麦收后浸染自生麦越夏,秋季再浸染。在低海拔地区不能越夏,靠西南、西北气流传播而浸染。通常锈菌以冬孢子越冬,初次侵染来源是担孢子或夏孢子,而后以锈孢子或夏孢子在作物生长期间靠气流传播继续为害。在亚热带和热带,不少锈菌不产生冬孢子,靠夏孢子或由病菌直接在自生苗或冬季作物上越冬。在有些地区,转主寄主在病害循环中不起作用,如中国东北的阿穆耳小檗展叶期的气候不适宜小麦秆锈病菌冬孢子的萌发,而夏孢子虽在当地不能越冬,都可由东南沿海地区借气流长距离从南向北吹来成为初次侵染源。此外,有些锈菌侵染循环中的主要问题不是越冬而是越夏,如小麦条锈病菌不耐高温,须在高寒地区的自生麦苗和不同生育期的麦株上越夏。