果穗及籽粒均可受害，被害果穗顶部或中部变色，并出现粉红色、蓝绿色、黑灰色或暗褐色、黄褐色霉层，即病原蓖的菌体、分生孢子梗和分生孢子。病粒无光泽，不饱满，质脆，内部空虚，常为交织的菌丝所充塞。果穗病部苞叶常被密集的菌丝贯穿，黏结在一起贴于果穗上不易剥离，仓贮玉米受害后，粮堆内外则长出疏密不等，各种颜色的菌丝和分生孢子，并散出发霉的气味。
玉米丝核菌穗腐病早期在果穗上长出橙红色霉层，后期病果穗变为暗灰色，在外苞叶上生出白色至橙红色或暗褐色至黑色小菌核。玉米青霉穗腐病主要发生在机械损伤、害虫或鸟等危害的果穗上，在子粒上或子粒间产生青绿色或绿褐色霉状物，多发生在穗的尖端。病原菌侵入种胚的，种子发芽时引起幼苗萎凋。玉米粉红聚端孢穗腐病果穗全部或部分生出浅红色霉状物，使子粒发霉，多发生在收获后的果穗上，遇有秋雨连绵的年份也可发生在田间。玉米小斑病T小种穗腐病病部产生不规则的灰黑色霉区，引起穗腐，严重的早穗腐烂，种子发黑霉变，还可侵染叶片、叶鞘及苞叶，病斑较大。玉米色二孢穗腐病发病早的果穗苞叶呈苍白色，在吐丝后1周内发病，果穗变为灰褐色，整个果穗萎缩或腐烂。果穗呈直立状态，果穗和内苞叶或内苞叶之间紧密黏附，菌丝在其间生长繁殖，后期苞叶、花苞上及子粒边缘产生黑色粉状物。玉米灰葡萄孢穗腐病主要危害雌穗，花丝发病病部呈水渍状。果穗发病多发生在有机械损伤或昆虫为害的穗上，子粒上或子粒间有灰色至灰绿色霉状物，常在穗的尖端或上半部发生。
