茼蒿菌核病（烂头）主要侵染茎蔓、叶片和果实。病原菌以菌核在土壤内、病残体中及种子间越冬。翌年气温回升至5摄氏度以上，土壤潮湿，菌核萌发产生子囊。菌核遗留在土中，或混杂在种子中，随播种带病种子进入田间。适宜温湿度条件下，菌核萌发产出子囊盘，释放子囊孢子，随风传播到衰弱植株伤口上，引发初侵染。病部长出的菌丝扩展到邻近植株或通过病健株直接接触进行再侵染，引起发病。病害循环重复进行，直到条件恶化形成新菌核落入土中越冬或越夏。
南方2—4月及11—12月为发病盛期，北方3—5月多发。病原菌对水分要求较高，相对湿度高于85%，温度15—20℃利于菌核萌发和菌丝生长。低温、湿度大或多雨早春、晚秋促进病害发生和流行，菌核形成时间短、数量多。
防治措施应包括清除病残体、轮作、种子处理和适时施用杀菌剂。避免连作、田间积水和过量氮肥，增强植株抗病力。秋、冬季保护地栽培尤其要注意控制湿度和通风，减少病害发生。在早春和晚秋加强监测，发现病害及时防治。
