选用抗病品种，要不断更换新品种，种植生育期合适的品种。适当调节播种期，尽可能使玉米孕穗至抽雄期避开雨季。合理密植，合理施肥，促进早熟，注意防治虫害以减少伤口侵染的机会。加强田间管理，要增施钾肥或氮、磷、钾肥合理配合施用。降雨有积水时及时排水，防止田间长时间渍水。生育后期要促早熟，在籽粒进入蜡熟后期，实行站秆扒皮，以加快籽粒脱水。收获后及时晾晒脱水，剔除感病籽粒等。
药剂防治。玉米穗腐病的防治方法有：选好抗病亲本(制种)或品种，选择用对穗病具有优良抗性的亲本及组合。建立无病制种基地，选择最适合玉米播种的时节。在玉米生长期间，要合理的进行除草、施肥、浇水、除虫，喷施农药加喷施壮穗灵在收获果穗后要及时剥掉苞叶，防止受潮，也可以将玉米挂成串晒在通风的地方，这样可以防止果穗受热而发病，也可以病果穗霉烂顶端，防止穗腐病再新扩展。将晒干透的玉米进行脱粒，并且要在继续晒干，防止籽粒进一步受病菌感染霉烂。
预防玉米穗腐病的关键措施包括：选择苞叶松散、脱水快的玉米品种；合理密植，增施农家肥和钾肥，提高植株抗性；减少人为伤口；加强害虫的防治，如玉米螟、粘虫等；发病后注意开沟排水，避免田间积水；清除病残体和病果穗，减少来年的初侵染源；成熟后及时采收，充分晾干后入仓存储。药剂预防方面，首先选择合适的种衣剂包衣，防止苗期土传病害；抽雄期喷洒50%多菌灵或甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液，重点喷果穗和下部茎叶，隔7-10天1次，连续喷施2-3次。
此外，推行轮作，解决病残体，开展种子消毒，适期栽种，合理密植，科学施肥，推动成熟，留意防蛀、降低创口，充分成熟时采摘，充分晾干后进仓存储。在玉米吐丝期利用植保无人机喷施35%吡唑醚菌酯·氟环唑悬浮剂、18.7%丙环唑·嘧菌酯或240克/升噻呋酰胺等杀菌剂，可有效防治玉米穗腐病。喷施杀菌剂同时复配杀虫剂，如吐丝后期喷施50%氯虫苯甲酰胺，或4.3%氯虫苯甲酰胺与1.7%阿维菌素混喷，可提高防效。
平时应加强田间管理，合理密植，科学施肥，促进早熟，注意防治虫害以减少伤口侵染的机会。抽穗期用50%多菌灵可湿性粉剂或50甲基托布津可湿性粉剂1000倍液喷雾，每亩用药液50公斤，重点喷果穗及下部茎叶，每隔7天喷1次;发病初期往穗部喷洒5%井冈霉素水剂，每亩用药50一75mL，兑水75一100公斤或用50%多菌灵悬浮剂700一800倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液喷施。视病情1一2次。
