药剂防治：在根腐病发生较重的地区，应采用含杀菌剂的种衣剂进行玉米种子包衣处理，或在播种前用杀菌剂拌种。对于镰刀菌和丝核菌引起的根腐病，可以选用75%百菌清可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂以种子重量的0.4%拌种，也可以用卫福拌种剂直接拌种。对于腐霉菌根腐病，则应选择杀卵菌药剂，如58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、64%杀毒矾可湿性粉剂、绿亨1号拌种剂等药剂以种子重量的0.4%拌种。
钾肥防治：当病株率在10%以上，应采用亩用氯化钾3-5公斤，或草木灰50公斤撒在玉米地里。当病株率在10-20%的，采用亩用氯化钾8-10公斤，或草木灰80-100公斤撒在玉米地里。当病株率达到30%以上的，采用亩用氯化钾10-15公斤，或草木灰100-150公斤撒在玉米地里。要注意的是在施用钾肥时草木灰宜单独施用，切忌与化肥和水粪一起施用，或者也可以选择多元复合微肥加磷酸二氢钾叶面对玉米地进行喷洒。
化学防治：使用50%多菌灵加40%乙磷铝1000倍液或者70%甲基托布津加40%乙磷铝1000倍液对玉米地中病株根部进行喷洒，每株用100克药液。
