南瓜蔓枯病危害叶片、茎蔓和果实。叶片染病,病斑初褐色,圆形或近圆形,大小10-20毫米,其上微具轮纹。茎蔓部病斑椭圆形至长梭形,灰褐色,边缘褐色,病斑扩大,使茎部腐烂,有时溢出琥珀色的树脂状胶质物,干后结成红色到黑色的小黑点,病斑稍凹陷。严重时形成蔓枯,致果实朽住不长。该病多发生在茎基部,也可通过叶柄侵染茎蔓,因此病斑也多发生在节的附近。后期病部干缩、纵裂。与枯萎病不同的是,茎基部横断面仍呈绿色,而枯萎病导管明显变褐。果实染病,轻则形成近圆形灰白色斑,大小5-10毫米,具褐色边缘,发病重的开始时形成不规则褪绿或黄色圆斑,后变灰色至褐色或黑色,最后病菌进入果皮引起干腐,一些腐生菌乘机侵入引致湿腐,危害整个果实。芽顶端出现褐色病斑,呈立枯状。凋谢的雌花基部出现暗褐色不规则形水渍状病斑。由真菌小双胞腔菌引起,主要为害叶、茎、蔓和果,以为害茎、蔓影响最大。叶面病斑近圆形,有的病斑自叶缘向内发展呈“V”字形或半圆形,淡褐色至黄褐色,后期病斑易破碎,病斑轮纹不明显,上面生许多黑色小点,即病菌的分生孢子器。茎蔓病斑呈梭形或椭圆形,淡褐色,多出现在蔓节部位,有时溢出琥珀色的树脂胶状物,后期病茎干缩,纵裂呈乱麻状,严重时引起“蔓烂”,致全株枯死,病部也有小黑点。果实染病时初生水渍状小圆点,后为黄褐色凹陷斑,也有小黑点,后期果变糟破碎,有别于炭疽病。