1、农业防治。培育和选用耐病性较强的品种。一是实行水旱轮作。通过灌水将残留在土壤中的菌核浸泡腐烂，减少传染源；二是处理残株。油菜脱粒后，把茎枝叶及角果皮等进行单独处理或放入水田沤制肥料；三是深耕灭菌。秋季深耕，春季中耕培土1-2次，可以破除、淹埋子囊盘；四是种子处理。通过筛选、风选、药剂拌种等方法消除菌核和杀灭种子表皮病菌，播种无病种子。2、化学农药防治。在实行农业防治的同时，及时采用化学、药剂防治是控制和减轻菌核病危害的关键性技术措施，7-10天后用好第2次药，2次药后若遇连续阴雨天，还应设法用好第3次药。
