多发生在育苗的中、后期，主要危害幼苗茎基部或地下根部。初期为椭圆形或不规则暗褐色病斑，病苗早期白天萎蔫，夜间恢复，病部逐渐凹陷、溢缩，有的渐变为黑褐色。当病斑扩大绕茎一周时，最后干枯死亡，但不倒伏。轻病株仅见褐色凹陷病斑而不枯死。苗床湿度大时，病部可见不甚明显的淡褐色蛛丝状霉。
茎点枯病在芝麻播种后染病，引起烂种死苗。出苗后染病，幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点，即分生孢子器和菌核。开花结果期发病，多从根部或茎基部开始，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。根部感病后，主根和支根逐渐变褐枯萎，皮层内布满黑色小菌核。茎部病斑初呈黄褐色水渍状，与健全组织无明显界线，继而发展为绕茎大斑，并向上蔓延，病斑呈黑褐色、中部银灰色、有光泽，密生针尖大的小黑点。病株叶片自下而上呈卷缩萎蔫状，黑褐色，不脱落，植株顶端弯曲下垂。蒴果感病后呈黑褐色枯死状。病种上生出许多小黑点。病株较健株矮小，严重发病时全株干枯，髓部被蚀中空，仅剩纤维，易折断。
主要为害芝麻幼嫩或衰老的组织，多在苗期和开花结果期发病。苗期染病：幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点。开花结果期染病：从根部开始发病，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。根部染病：主根、支根变褐，剥开皮层可见布满黑色小菌核，致根部枯死。茎部染病：多发生在中下部，初呈黄褐色水浸状，后扩展很快绕茎一周，中心有银灰色光泽，其上密生黑色小粒点，表皮下及髓部产生大量小菌核，茎秆中空易折断。病部以上茎秆枯死，蒴果呈黑褐色干枯，病种子上生有小黑点状菌核。
