小麦条纹叶枯病一般从孕穗末期到抽穗扬花期开始出现症状，以抽穗扬花期症状最为明显。病株抽穗后穗部呈淡黄色，相比生长正常的麦穗颜色明显偏淡；病穗不能正常扬花结实，或仅有一小部分小穗能扬花；大多数病穗麦芒扭曲，出现严重的穗部畸形；发病穗比正常穗偏小。部分病株的穗下节间出现“S”形弯曲。病穗的长度较正常穗小。
症状主要为害小麦叶片，严重时也可为害叶鞘、茎秆、颖片和籽粒。病部初现针尖大小的深绿色小斑点，后扩展为半透明水浸状的条斑，后变深褐色，常出现小颗粒状细菌脓。褐色条斑出现在叶片上，故称为细菌性条斑病。病斑出现在颖壳上的称黑颖。被害叶片初期呈水渍状半透明斑点或条斑，再沿叶脉向上下扩展，变成长条状，呈现油渍发亮褐色斑，常出现小颗粒状菌脓。以抽穗和扬花期重，使被害株提前枯死，穗形变小，籽粒干秕，造成减产。
