西红柿的病虫害种类繁多，主要病害包括霜霉病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病、溃疡病、病毒病、褐斑病、白腐病、黑腐病、炭疽病、黑痘病、白粉病、枯黄萎、绵疫病、绵腐病、菌核病、煤霉病、煤污病、酸腐、根腐、茎基腐、白绢病、猝倒病、立枯病、黑斑病、芝麻斑病、灰斑病等。主要虫害有透翅蛾、天牛、金龟子、毒蛾、叶蝉、蚧类、绿盲蝽、蓟马、蚜虫、红蜘蛛、美洲斑潜蝇、白粉虱、棉铃虫、茶蟥螨、烟粉虱、夜蛾类等。
霜霉病可优先选用生物菌剂，喷施20亿孢子/克蜡质芽孢杆菌可湿性粉剂200g/亩防治；发病较重的田块，可用10%氟噻唑吡乙酮可分散油悬浮剂13-20ml/亩，或66%代森锰锌·缬菌胺水分散粒剂130-170g/亩喷雾防治。番茄晚疫病又名番茄疫病，是番茄上发生最普遍、危害最重的病害。该病害是由真菌引起的，主要危害叶片和果实，也能危害茎和叶柄。苗期至成株期均可染病。苗期染病，病斑由叶片的主茎蔓延，嫩茎部缢缩腐烂，病部以上枝叶死亡，湿度大时病部表面产生白色霉层。
这些病害在实际生产上常常同时发生，交替发生，而且发病早、来势猛、流行快、危害重，虫害主要是蚜虫、温室百粉虱和棉铃虫等。
