病菌存在于土壤中,也可通过带菌种子进行远距离传病,多在分苗、定植时从根系伤口、自然裂口、根毛侵入,到达维管束,在维管束内繁殖,堵塞导管,阻碍植株吸水吸肥,导致叶片萎蔫、枯死。高温高湿有利于病害发生。土温25~30℃,土壤潮湿、偏酸、地下害虫多、土壤板结、土层浅,发病重。番茄连茬年限愈多,施用未腐熟粪肥,或追肥不当烧根,植株生长衰弱,抗病力降低,病情加重。发病适温在25℃左右,当气温22-28℃间易发病,在20℃以下的低温和30℃以上的高温下病菌侵染受到抑制,番茄黄萎病大大减轻。气温低时定植,会造成根部伤口愈合慢,利于病菌从伤口侵入,发病重;番茄连作田及同茄子、草莓、青椒轮作田发病率高。苗床消毒不彻底导致发病时,危害特别严重。地势低洼,施用未腐熟的有机肥,灌水不当地块发病重。