受害的辣椒果实表皮发黑，逐渐成水浸状病斑，病斑中部呈革质化，扁平状，逐渐转化成暗褐色下陷，失水后收缩成皮囊状。有的果实在病健交界处开始变红，提前成熟。发生严重时病斑因湿度大被杂菌侵染生有深褐色霉状物，果肉腐烂。果实顶部(脐部)呈水浸状，病部暗绿色或深灰色，随病情发展很快变为暗褐色，果肉失水，顶部凹陷，一般不腐烂，空气潮湿时病果常被某些真菌所腐生。通常脐腐病的病斑容易腐生真菌而变成暗褐色，病组织也容易遭受软腐细菌的侵染造成腐烂。发病的果实往往因过早成熟而提前变红。
辣椒茎基腐病：定植后经常发生的重要病害。主要发生在近地面茎秆部位，病斑凹陷变黑褐色，重症绕茎扩散，表面呈黑色腐烂，植株逐渐萎蔫枯死。根部是健康的。
辣椒脐腐病：缺钙造成的生理性病害。果实顶部呈暗绿色至暗褐色水浸状病斑，果肉失水，顶部凹陷，潮湿时常被某些真菌腐生。
