本病由立枯丝核菌引起,属于半知菌亚门真菌。菌丝有隔,初期无色,后期变黄褐色至深褐色,分枝基部稍缢缩,与主菌丝成直角。幼茎或茎基部产生椭圆形暗褐色病斑,病部收缩细缢,茎叶萎垂枯死;稍大秧苗白天萎蔫,夜间恢复,当病斑绕茎一周时,秧苗逐渐枯死,但不呈猝倒状。辣椒立枯病病原菌以菌丝和菌核在土壤中越冬,病菌腐生性强,病残体分解后可在土壤中腐生存活2~3年。菌丝能直接侵入寄主,通过雨水、灌溉水、粪肥、农具进行传播、蔓延。病菌对温度要求不严,适宜生长温度为24℃,最高温度40~42℃,最低温度13~15℃,在12℃以下或30℃以上病菌生长受到抑制。高温高湿利于病菌生长,忽高忽低的温湿度会加重病情。当幼苗生长过密、间苗不及时、老化衰弱、温度偏高、通风透光条件差时,易引发此病。