黄瓜菌核病的防治方法包括茬口轮作、及时清洁田园以及加强栽培管理。在发病初期可采用喷药防治,如使用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%扑海因可湿性粉剂1000~1500倍液、40%菌核净可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等喷雾防治。在春季连续阴雨天气时可选用烟熏防治。此外,发现田间始发病的病株、病枝时,可用毛笔等将药剂涂在病部进行防治。预防时建议7~8天施药1次,发病时4~5天喷1遍,连续喷3~4次。40%杜邦福星可湿性粉剂与50%速克灵可湿性粉剂混合喷雾也有较好防治效果。