1、实行3年以上轮作或水旱轮作，避免与相同科属的蔬菜轮作，例如番茄禁止与辣椒、茄子、马铃薯轮作，黄瓜禁止与西葫芦、丝瓜、苦瓜轮作。及时整枝打叶，发现霉斑叶片应及时摘除，采收完果实后应将病株残叶清除到田外烧毁。发病初期用50%甲基托布津500-800倍液或75%百菌清600-800倍液或50％代森铵1000倍液喷雾，隔10天一次，共2-3次。
2、选用抗病或耐病的品种；增施农家肥，及时清理病残体，带出烧毁；深耕，精细整地，清理田间有害物质；降雨短期内不浇水，浇水要少量多次；注意田间通风、排湿；积水的要及时疏通排水；可减轻土传病害的危害。
3、根腐病的传播方式广泛，其危害严重，因此在种植西葫芦时需注重预防工作，移栽时用微生物菌剂根小子沾根，快速缓苗壮根，提高成活率。对于发病初期的植株用根小子灌根，从根部传到叶片，对根腐病病害有很好的治理效果。
