洋葱紫斑病在北方寒冷地区以菌丝体在寄主体内或随病残体在土壤中越冬，翌年产出分生孢子，借气流或雨水传播，经气孔、伤口或直接穿透表皮侵入。发病适温25—27℃，低于12℃则不发病。病菌产孢需湿度高，萌发和侵入需有水滴存在，因此温暖多湿的夏季发病重。此外，沙质土、旱地、老苗、缺肥或蓟马为害重的地块发病重。冬季温暖地区病菌在葱蒜作物上辗转传播为害；寒冷地区则以菌丝体附着在寄主或病残体上越冬，翌年产出分生孢子，借气流或雨水传播，病菌从气孔和伤口，或直接穿透表皮侵入，潜育期1—4天。分生孢子在高湿条件下形成，孢子萌发和侵入需具露水和雨水。