毛豆的害虫主要包括豆荚螟和大豆食心虫。为防治豆荚螟，在毛豆开花结荚期应进行1至2次灌溉，以杀死入土化蛹的幼虫；对于幼虫卷叶和入荚问题，则可采用40%乐果乳剂1000倍液或50%马拉硫磷乳剂进行喷雾处理。
毛豆的主要病害是锈病。预防锈病的措施包括选用无病种子、对种子进行消毒处理，例如使用福尔马林200倍液浸种30分钟后洗净晾干播种。此外，实行轮作以避免重茬，以及在发病初期进行药物预防也是必要的。在苗期和结荚期应分别喷药2次和1至2次，每次间隔5至7天。建议使用的药剂有65%代森锌可湿性粉剂500倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液进行喷雾处理。
