丝黑穗病原菌可存活多年，通过土壤、粪肥和种子进行侵染传播，一年侵染一次。发病轻重主要由土壤中菌量、品种抗性、环境条件决定。
发病条件包括：感病品种的大量种植，可能导致病原菌出现新的生理小种，使原来抗病的品种丧失抗性；长期连作致使土壤含菌量迅速增加，据报道，土壤中含菌量每年可大约增长10倍；使用未腐熟的厩肥，如施猪粪的田块发病率为0.1%，而沟施带菌牛粪的田块发病率高达17.4%～23%，铺施牛粪的田块发病率为10.6%～11.1%；种子带菌未经消毒、病株残体未被妥善处理都会使土壤中菌量增加，导致该病的严重发生。
玉米播种至出苗期间的土壤温、湿度与发病关系极为密切。土壤温度在15～30℃范围内都利于病菌侵入，以25℃最为适宜。土壤湿度过高或过低都不利于病菌侵入，在20%的湿度条件下发病率最高。另外，海拔越高、播种过深、种子生活力弱的情况下发病较重。侵染温限15～35℃，适宜侵染温度20～30℃，25℃最适。土壤含水量低于12%或高于29%不利其发病。
