肥料本身的质量问题可能源于生产配方中添加的粘性物不易溶化，磷酸一铵的水溶性磷不足，或生产过程中氨化过度导致水溶性磷退化。过量使用防结剂也会影响肥料效果。氨酸法复合肥主要靠氨酸反应料浆和肥料自身溶解的盐类成粒，配方中较少使用粘结剂，化学合成后没有不溶物质。水解试验表明，溶解适度，残留物较少。
农民在使用时，若遇到干旱少雨天气，土壤墒情不足，肥料撒施在地表后未及时浇水，肥料吸湿溶解较慢。这种情况在西部少雨地区和沙土地上更为严重，但这并非肥料本身的问题。只要土壤有足够水分供肥料颗粒吸湿，溶解便不成问题。然而，不建议采用这种施肥方式，因为可能导致养分挥发、植株熏蒸或灼伤，甚至使根系上浮，不利于根系下扎和养分吸收利用，应深施覆土。
此外，肥料可能是枸溶性肥料，水溶性差，需靠土壤微酸分解才能被作物吸收，这是肥料性质决定的，通常会在产品上标注，如“枸溶性磷”。土壤墒情差也可能影响溶解条件。还有可能是假冒肥料。