播种前或收获后，清除田间及四周杂草和农作物病残体，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。和非本科作物轮作，水旱轮作最好。选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。播种后用药土覆盖，易发病地区，在幼苗封行前喷施一次除虫灭菌剂，这是防病的关键。
防治胡萝卜黑腐病，可在病害发生前期或初期每亩使用保护性杀菌剂40%百菌清悬浮剂200毫升，7~10天喷雾1次，连续使用3~4次。或者用二甲酰亚胺类杀菌剂异菌脲对胡萝卜黑腐病具有较好的防治效果，可在胡萝卜黑腐病发生前期或初期每亩使用500克/升异菌脲悬浮剂75毫升，7~10天喷雾1次，连续使用3~4次。在胡萝卜黑腐病发病初期喷施药剂防治，药剂可用：75%百菌清可湿性粉剂600倍液、或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂400~500倍液、或40%克菌丹可湿性粉剂300~400倍液、或用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、或50%扑海因可湿性粉剂1000倍液喷雾，隔7~10天1次，交替用药，连喷3~4次。
药剂浸种根:将选好的种根在75％百菌清的600倍液、70％代森锰锌的600倍液中浸泡30min后涝出晾干表面水分即可定植。种根蘸药:用50％福美双可湿性粉剂、50％扑海因可湿性粉剂、70%土菌灵等任选一种按种根重量的0.30%加适量细土拌成药土,将选好的种根蘸一薄层药土后再行定植。喷雾防治:发病初期开始喷洒75％百菌清可湿性粉剂600倍液或58％甲霜？锰锌可湿性粉剂400～500倍液，或40％克菌丹可湿性粉剂300～400倍液，或50％扑海因可湿性粉剂1500倍液，直接喷根顶部或灌根，隔7～10d喷1次，连续防治3～4次。
