小麦腥黑穗病的防治方法包括以下几种：
1.种子处理：在常年发病较重地区，使用2%立克秀拌种剂10—15g，加少量水调成糊状液体与10kg麦种混匀，晾干后播种。也可用0.1萎锈灵等药剂拌种和闷种，都有较好的防治效果。
2.农业防治：春麦不宜种过早，冬麦不宜播种过迟。播种不宜过深。播种时施用硫铵等速效化肥做种肥，可促进幼苗早出土，减少侵染机会。冬麦提倡在秋季播种时，基施长效碳铵1次，可满足整个生长季节需要，减少发病。
3.合理轮作：发病田块要实行2～3年轮作，并要施腐熟的农家肥。
4.药剂拌种：冬小麦种子必须经过拌种或包衣处理方可播种。拌种药剂可选用2%戊唑醇干拌剂或湿拌剂100～150克拌麦种100千克或3%苯醚甲环唑种衣剂100～200毫升拌麦种100千克或2.5%咯菌腈悬浮剂100～200毫升拌麦种100千克。
5.病田土壤药剂处理：病田应采取药剂拌种加土壤处理双管齐下的办法。每亩用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂或50%多菌灵可湿性粉剂2公斤左右，或70%甲基托布津可湿性粉剂1-1.5公斤，拌细土45～50千克，均匀撒在地面，然后翻耕入土。
6.病株处理：5月中下旬，零星病区可拔除田间小麦腥黑穗病病株，全株深埋处理。重发田块应收割堆放、集中深埋处理。彻底铲除消灭病麦秸秆、麦穗等一切病残体。
