隐孢子虫病的病征通常于感染后7天左右出现，包括腹痛、水泻、呕吐及发热。大部份患者的病征持续6至10天，但亦有可能会持续数星期。免疫系统有问题的患者如受感染，病情可能非常严重，甚至威胁生命。自1976年正式报道以来发现本病广泛，是旅游者腹泻的常见病原，艾滋病患者并发本病甚多。投喂优质饵料，加强管理，增强鱼体抗病力。由于孢子虫很难杀灭，要采取内服和外用的方法综合治疗。在鲫鱼患病前或患病初期，使用开水泡过的克孢素全池泼洒，用克孢灵(500克)+应激宁Ⅲ型(150克)拌饲(40千克)投喂，连续喂5-7天，可以取得很好的疗效。