西瓜苗期的主要病虫害有猝倒病、疫病、枯萎病、白粉病、病毒病等病害,虫害有蚜虫、种蝇、黄守瓜、小地老虎、红蜘蛛、潜叶蝇等。选用抗病品种,精选种子,根据当地西瓜种植及病害发生情况,选择适合当地种植的抗病品种,种子要选用无虫蛀、无霉变、无机械伤的饱满种子。合理轮作,及时清园,减少病源,推荐旱地轮作7-8年,水旱轮作3-4年,可明显减轻发病,及时清除病株残体,减少病害的再浸染。适时播种,控制苗床温、湿度,防止低温冻害和高温产生高脚苗。加强栽培管理,合理浇水施肥,促进西瓜良好生长,增强抗病力。高畦地膜覆盖栽培,减少田间湿度,采用喷灌、滴灌或膜下暗灌等措施可减少疫病、炭疽病等的发生。药剂防治要做到早用药,及时用药,当田间出现发病中心时,立即喷药,选用低毒、高效的药剂进行防治。