大蒜锈病是由真菌引起的病害，病菌以冬孢子和夏孢子在留种蒜病组织上越冬。第二年入夏形成多次再浸染，此时正值蒜头形成或膨大期，为害严重。锈病在低温、多雨的情况下易发病，春、秋二季发病较多，尤以秋季为重。在冬季温暖多雨地区，有利于病菌越冬，次年发病则严重。夏季低温多雨，有利于病菌越夏，秋季则发病重。此外，在管理粗放，肥料不足，生长势衰弱时，发病严重。
病菌喜较低温度、潮湿的环境，发病适宜的气候条件为温度10～23℃，相对湿度90%以上。浙江及长江中下游地区大蒜锈病的主要发病盛期为春季节3～5月；秋季10～11月。大蒜病感病生育期在成株期。一般在地势低洼、排水不畅、肥料不足、生长不良和连作的田块发病重。年度间早春低温、多雨或梅雨多雨或秋季多雾、多雨的年份发病重。田间叶片染病后，病部产生的夏孢子借气流传播，进行再侵染，蔓延扩展。生产上早熟品种易发病。高温多湿或连阴雨、偏施氮肥发病重。
大蒜锈病病菌以夏孢子在种葱、越冬青葱及大蒜的发病组织上越冬，翌年春季3~5月气温回升快、多阴雨，利于病原菌的传播和浸染，6~7月正值蒜头形成或膨大期，病菌可进行多次再侵染。该病菌喜低温潮湿环境，发病适宜温度10~25℃、相对湿度90%以上。地下水位高、土质黏重、地势低洼、排水不畅、肥料不足、植株生长不良和连作的田块发病重；早春低温多雨、梅雨季节多雨、秋季多雾多雨的年份发病重。年度间早春低温、多雨，或梅雨期间多雨，或秋季多雾、多雨的年份发病重；田块间连作田、地势低洼、排水不畅的、田块发病重；栽培上种植过密、通风透光差、肥料不足、生长不良的田块发病重。种植偏早、密植大的大蒜发生较重；地势低洼、排水不良的田块发病较重；施尿素多，导致大蒜生长过旺，降低了对病虫害的抗性，容易感病早且发生严重；在高海拔的冷凉或湿度大的山区，大蒜锈病很容易流行。另外，发病轻重与大蒜的品种有很大关系。
