口腔黏膜充血，颊黏膜进行性广泛性损害，导致多涎，随后出现坏死性病灶。开始为小的粗糙红色浅表坏死病灶，后变为粉红色，感染部位包括下唇、下齿龈等。严重病例可见坏死病灶波及齿垫、腭、颊部，病变从口腔延伸至瘤-网胃口。患畜可见结膜炎、坏死性口炎等肉眼病变，严重时可蔓延至硬腭及咽喉部。皱胃常出现病变，瘤胃、网胃、瓣胃少见，病变部呈现有规则、有轮廓的糜烂，创面红色、出血。肠可见糜烂或出血，特征性出血或斑马条纹常见于大肠，尤其在结肠直肠结合处。淋巴结肿大，脾有坏死性病变。鼻甲、喉、气管等处有出血斑，还可见支气管肺炎的典型病变。尸体剖检病变与牛瘟病牛相似。
本病毒对胃肠道淋巴细胞及上皮细胞具有特殊亲和力，引起特征性病变。感染细胞中出现嗜酸性胞浆包涵体及多核巨细胞。淋巴组织中，小反刍兽疫病毒引起淋巴细胞坏死，脾脏、扁桃体、淋巴结细胞被破坏，含嗜酸性胞浆包涵体的多核巨细胞出现，极少有核内包涵体。消化系统中，病毒引起马尔基氏层深部上皮细胞坏死，感染细胞产生核固缩和核破裂，表皮生发层形成含嗜酸性胞浆包涵体的多核巨细胞。糜烂性损伤从嘴延伸至瘤、网胃交接处。大肠内，盲肠和结肠结合处出现特征性线状出血或斑马样条纹，淋巴结肿大，脾脏出现坏死病变和肺炎病变。口腔和鼻腔黏膜糜烂坏死；支气管肺炎，肺尖肺炎；可见坏死性或出血性肠炎，盲肠、结肠近端和直肠出现特征性充血、出血，呈斑马状条纹；可见淋巴结特别是肠系膜淋巴结水肿，脾脏肿大并可出现坏死病变；组织学上可见肺部组织出现多核巨细胞以及细胞内嗜酸性包涵体。
