马铃薯生产中，常采用有机汞化合物(2-甲基氧乙基氯化汞)来防治干腐病。播种时，采用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、2.5%咯菌腈悬浮种衣剂和链霉素混合液拌种，可有效防止干腐病的发生。贮藏时，可用苯来特、多菌灵、甲霜灵锰锌等药剂浸泡；喷雾、喷粉或熏烟处理种薯也可减轻干腐病，但成本相对较高。用硫磺粉、高锰酸钾与甲醛的混合剂或百菌清等熏蒸方法对储窖进行也可达到同样的效果。
将奥力-克霉止按300~500倍液稀释，在发病前或发病初期喷雾，每5~7天喷药1次，具体喷药次数视病情而定。病情严重时，奥力-克霉止按300倍液稀释，每3天喷施1次。施药避开高温时间段，最佳施药温度为20~30℃。重要防治时期为开花期和果实膨大期。发病初期及时进行药剂防治，可选用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂400倍液，防治效果可达58.89%，可有效缓解马铃薯块茎干腐病的扩展蔓延。
生长后期注意排水，收获时避免伤口，收获后充分晾干再入窖，严防碰伤。窖内保持通风干燥，窖温控制在1～4℃，发现病烂薯及时汰除。
