主要采取药剂防治：1、药剂拌种或包衣。50%多菌灵可湿性粉剂按用种量的0.5%～0.8%或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂按用种量的0.6%种子包衣。或用精甲霜灵纯药20克拌100千克棉种。2、苗期如遇连阴雨天气，田间出现病株时，用50%多菌灵可湿性粉剂或65%代森猛锌可湿性粉剂或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液，对准根茎部喷雾保护，每周喷1次，连喷2～3次。
播种前必须精选高质量棉种，经硫酸脱绒，以消灭表面的各种病菌，汰除小子、秕子、杂子及虫蛀子，再进行晒种30-60小时，以提高种子发芽率及发芽势，增强棉苗抗病力。
合理轮作，与禾本科作物轮作3-5年，能减少土壤中病原菌积累，可减轻发病；深耕改土，将棉田内的枯枝落叶等连同病菌和害虫一起翻入土壤下层，对防治苗期病害有一定的作用。适期播种、育苗移栽，在不误农时的前提下，适期播种，可减轻发病。施足基肥、合理追肥，棉田增施有机肥，促进棉苗生长健壮，提高抗病力，能抑制病原菌侵染棉苗。加强田间管理，出苗后应早中耕，一般在出苗70%左右要进行中耕松土，以提高土温，降低土湿，使土壤疏松，通气良好，有利于棉苗根系发育，抑制根部发病。阴雨天多时，及时开沟排水防渍。加强治虫，及时将病苗、死苗集中烧毁，以减少田间病菌传染。
