发病初期，喷施12.5%禾果利可湿性粉剂2500-3000倍液，或亩用10克5%井冈霉素水剂兑水40公斤喷雾，间隔7-10天后再喷1次。小麦返青至拔节期，亩用50毫升50%强力杀菌剂兑水40公斤喷雾，每隔7-10天喷1次，连续喷施2-3次。小麦开花初期，亩用100克25%粉锈宁可湿性粉剂（或50%多福合剂）兑水喷雾，可控制叶部病害发展。病害较严重的地块，可用72%代森锰锌霜脲氰可湿性粉剂600倍液（或58%代森锰锌甲霜灵可湿性粉剂500倍液）喷施基部或灌施根部。喷药时应确保喷匀、喷透，使药液充分浸透茎部、根部。在发病初期喷施58%瑞毒霉锰锌可湿粉500倍液、70%锌·乙铝可湿性粉剂500倍液、72.2%普力克水剂700倍液或75%百菌清600倍液，隔7～10天1次，根据病情连喷2～3次。
小麦根腐病药剂防治方法有：选用种植抗病和抗逆性强的小麦品种；适期早播、合理轮作；增施有机肥和磷肥；干旱前浇水，大雨后及时排水；可用6%戊唑醇悬浮种衣剂50毫升或2.5%咯菌腈悬浮种衣剂15～20毫升拌小麦种子10千克预防。发病较重时，可选用12.5%烯唑醇可湿粉1500～2000倍液或50%多菌灵可湿粉1000倍液，在小麦扬花期和小麦乳熟初期各喷雾一次。根腐病可用青枯立克、地力旺、大蒜油、沃丰素等药物按一定比例混合喷洒，约2-3次缓解病情。因地制宜选用适合当地栽培的抗根腐病品种，种植不带黑胚的种子；提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，麦收后及早耕翻灭茬，使病残组织当年腐烂，减少下年初侵染源；采用小麦与豆科、马铃薯、油菜等轮作方式换茬，适时早播，浅播，土壤过湿要散墒后播种，过干则采取镇压保墒等农业措施。
治疗：发病初期用50%扑海因喷雾，每公顷用药500-750克。防治：采取以种植抗病品种和栽培防病为主，辅以药剂防治的综合措施，该病为全生育期病害，穗期叶斑和穗腐是防治关键，同时要加强栽培管理，控制苗期根腐病的关键是麦田不能连作，可与亚麻、马铃薯、油菜及豆科植物等作物轮作换茬。
