芹菜菌核病是真菌病害,由子囊菌亚门核盘属的真菌侵染致病。该病菌喜温暖潮湿的环境,植株中后期易感病。连续阴雨或多雨、多雾的年份发病重。连作地块、地势低洼、栽植过密、氮肥施用过多利于发病。病菌以菌核在土壤中或混在种子间越冬,成为初侵染源。第2年当条件适合时,菌核萌发后产生子囊孢子,借风、雨、气流等传播。湿度适合时,子囊孢子萌发产生菌丝侵入寄主。植株间以菌丝侵染传播。病健株之间的茎叶相互接触,可造成该病害的传播。菌丝可以通过病健组织的直接接触或间接接触,进行传播和蔓延。病菌随病残体在土内越冬、越夏。条件适宜时病菌从植株衰老的组织侵入,并借助气流、病株和健株的接触,以及农事操作中的传带等进行田间的再侵染。芹菜菌核病在低温潮湿的环境下发生严重,适温为5~20℃,相对湿度85%以上,有利于病害的发生和流行。密植、地面潮湿或积水,易诱发芹菜菌核。