胡萝卜肉质根分杈的原因主要有以下几点：
(一)种子质量：陈种子生活力较弱，发芽不良，影响幼根先端生长，易产生分叉；雨季收获的种子授粉不良，易形成无胚或胚发育不良的种子，播种后肉质根易分叉。
(二)土壤：粘重土壤透气性差，阻碍胡萝卜生长，肉质根易分叉；耕作层浅而坚硬的地块主根生长受阻，促使侧根发育，肉质根易分叉；土壤中有碎石、砖块、树根等坚硬物阻碍肉质根生长，也会产生分叉。
(三)施肥：胡萝卜对土壤肥料浓度敏感，幼苗期适宜浓度为0.5%，肉质根膨大期为1%，浓度过高易引起分叉；施用未腐熟有机肥、种子播种在粪块上或与化肥直接接触，均会导致肉质根分叉。
(四)管理不当：中耕、锄草时不慎损伤肉质根或生长点，易产生分叉。
(五)地下害虫危害：根结线虫严重的地块分叉现象明显；蝼蛄、蛴螬等地下害虫咬食主根，也会导致分叉。
此外，间苗过晚或定苗过密、过稀时，根系生长拥挤或营养面积过大，主根弯曲或主、侧根同时肥大，也会形成异形根。
