合理施肥、避免偏施氮肥、增施钾肥可明显降低发病率。要采用高畦栽培，严禁大水漫灌，注意雨后及时排除积水，防止湿气滞留。要及时中耕松土，避免各种损伤。玉米抽雄期至成熟期是防治该病的关键时期，病害发生初期可以用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液+25%甲霜灵可湿性粉剂500倍液;或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液+40%乙膦铝可湿性粉剂300倍液+65%代森锌可湿性粉剂600倍液淋根基，间隔7-10天喷一次，连喷2-3次。
近年该病上升与部分育种材料抗病性差，耕作栽培条件改变有很大关系。因此，选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌，保能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。茎基发病可及时将茎基部四周的培土扒开，降低湿度，减少侵染，待发病盛期过后再将士培好。并及时拔除重病株，烧毁或深埋，避免传播。
玉米细菌性茎腐病。茎基部腐烂，有恶臭。发现拔掉带出来深埋处理，可以用链霉素，叶枯唑，辛菌胺，中生菌素，噻菌铜，噻森铜，喹啉铜，氯溴异氰尿酸，多粘类芽孢杆菌等加磷酸二氢钾喷雾，间隔5天在连续喷施2到3次。及早清除病株，集中销毁，减少传染源；合理施肥，雨后及时排水、培土，促进玉米生长健壮，增强抗病能力；防治害虫，减少伤口；药剂防治可在发病初期用77%氢氧化铜可湿性粉剂600倍液或农用链霉素4000～5000倍液喷雾。
