由于柑橘黄龙病是检疫性病害，目前还没有有效的防治方法，因此防控措施首要的是严格检疫。严禁病害发生区的种苗调出，严防病苗病穗传入无病区，在新发展的无病区橘园应对调入的柑橘苗木、接穗实施严格检疫。建立相对隔离的无病苗木繁殖基地，在一个较大区域内集中彻底清理感病植株，大面积适时统防统治柑桔木虱，种植无病假植大营养钵苗。
在无病苗木培养方面，苗圃要与橘园相距2千米以上。收获前砧木种子用50-52℃热水预浸5分钟，再用55-56℃温水浸泡50分钟。接穗选自无病毒的优良母树，或用1000毫克/千克盐酸四环素液浸泡2小时，洗净后再嫁接。
嫩梢抽发期，使用25%扑虱灵可湿性粉剂1500倍液，或3.2%卡隆微乳剂5000倍，或30%柴油·丁硫乳油2500倍液，或48%毒·辛乳油2000倍液，或2.5%工夫菊酯乳油2000倍液喷雾防治柑桔木虱等传毒媒介。发现严重病害的树应立即挖除烧毁，并在植穴撒生石灰消毒。
同时，种植合格的健康壮苗，用农用链霉素给砧木、接穗或种子消毒，确保种苗不带病菌。在果园内做好柑橘木虱的防治，春季抽梢前后分别用药喷施三次，可选阿维菌素、呋虫胺、高效氟氯氢菊酯等农药。此外，柑橘木虱防治是预防黄龙病的关键，要做到“三结合”——群防群治相结合，统一时间与连片防治相结合，化学防治与农业防治相结合。喷药做到“四准喷”“四不漏”，即病虫要认准，农药要对准，剂量要配准，时间要定准，漏户不漏村，漏组不漏户，漏丘不漏组，漏树不漏丘。及时检查防治效果，矫正防治措施。
