西红柿在生长过程中会发生早疫病、脐腐病、病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、溃疡病、立枯病、枯萎病等病害，害虫有白粉虱、蚜虫、蓟马、棉铃虫、瓜绢螟、烟粉虱、茶黄螨、红蜘蛛、潜叶蝇等。主要病害包括病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等，虫害主要是蚜虫、温室白粉虱和棉铃虫。
病毒病的田间症状主要有花叶型、蕨叶型、条斑型等，近年来番茄条斑病毒病危害越来越重。防治措施包括晚打杈、早防蚜，晚打杈可减少和推迟农事操作对烟草花叶病毒的传播，早防蚜可预防黄瓜花叶病毒的发生和传播。药剂防治可用83增抗剂100倍液，苗期、缓苗后各喷一次。
西红柿晚疫病症状是叶子从叶尖或叶边开始出现病斑，早晨叶背面的病斑上会长出白霉；秸秆出现黑黄色的病斑，发病部位往往凹陷，茎秆常常从这折断。挂果后，主要注意防治叶斑病、黄萎病和晚疫病等。
