除了在种植以前给土地施入足够量的基肥以外，还要在幼树生长以后，合理进行追肥，主要使用氮肥及尿素等。一般每隔15天左右施肥一次，每次追肥量不宜过多，避免影响幼树生长。木瓜在结果前，对水分需求较小，若在春秋季种植，可每隔5天浇一次水，保持土壤微湿偏干即可。结果后，需每隔3天浇一次水，保持土壤湿润，促进果实生长。
木瓜结果前肥水管理：按抽梢次数，淋粪水、埋猪牛粪。一般年施3次，每次在抽梢前10天施下，每株淋粪水5-15千克或埋猪牛粪10-25千克。结果树肥水管理：根据生产期，及时追施花前肥、花后肥、果实膨大肥和早秋基肥。1月中旬施花前肥，每株施复合肥0.25-0.5千克；4月初施花后肥，每株施复合肥0.25-0.5千克；5月初施果实膨大肥，每株施复合肥0.5-2千克。3次追肥均用磷、钾含量较高的复合肥。早秋期基肥于8月初施，每株施猪牛粪25-50千克加0.5千克复合肥。施肥方法是化肥在树冠周围撒施，松土入肥，稀粪泼浇。离树干30厘米内不要施，以免烧苗。
木瓜在定植后10~15天开始薄施促生肥，以后每隔10~15天施肥1次，以肥料为主。施肥时要在叶片以外的地方施，由薄施到多施、由稀至浓，叶面喷施氮肥常用0.3%~0.5%的浓度。早熟品种的木瓜一般24~26片叶开始现蕾，现蕾前后要及时施重肥，供花芽形成等需要，此时仍以氮肥为主，适当增施磷钾肥。缺硼地区还应在花期喷施0.5%硼砂和每株加施3~5克硼砂，以防瘤肿病发生。
木瓜进入盛花坐果期后，要增施较重的肥料，以满足基部果实发育和顶部开花坐果的需要。6月挂果的木瓜在6~10月每月施重肥1次，要求氮、磷、钾水平较高。8月还应注意加施有机肥，如沤熟的农家肥。木瓜在定植之前，要重施基肥，基肥以农家肥和复合肥为主。定植之后，要适当进行追肥，促进幼树生长。花期时，要追施促花肥，保证果实吸收充足肥力。花谢后，果实开始生长，需吸收更多营养，此时要追施壮果肥，促进果实膨大。追肥时避免伤到根系，一般采用开沟方式进行追肥。
