提高温度，降低湿度是防病关键。即棚室内早春栽培采取高畦地膜、小浇水、多中耕松土，提高地温。门茄和对茄开花期控制浇水，加大通风量，减少结露。受精完后及早摘除门茄和对茄的花瓣，以防病菌侵染花器。番茄早疫病发病初期及时用药，药剂可选用50%异菌脲悬浮剂800倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1000倍液，或42.8%氟菌·肟菌酯悬浮剂3000倍液，或12%苯甲·氟酰胺悬浮剂1200倍液喷雾防治。注意不同类型药剂轮换使用，防止病原菌抗药性的发生。
日光温室消毒。连年发病的日光温室，夏秋季采用密闭日光温室的方法高温闷棚一周。或定植前密闭日光温室后，按每亩用硫黄1.5千克、锯末3千克，混匀后分几堆点燃熏烟一夜。或采用45%百菌清烟剂熏烟。
选育抗病品种。定植前结合整地施肥搞好田园卫生，及时清除病叶、残枝和病果，并集中销毁。加强裁培管理。施足基肥，适时追肥，或使用蔬菜专用肥，做到盛果期不脱肥，提高寄主抗病性。合理密植，及时绑架、整枝和打底叶，利于通风透光。保护地番茄重点抓生态防治，控制温、湿度。露地番茄注意雨后及时排水，清除落叶、残枝和病果，结合整地搞好田园卫生。重病田实行与非茄科作物2～3年轮作。
种子带菌，用52℃温汤浸种30分。用无毒菌土育苗。选择连续两年以上没有种过番茄、辣椒等茄科作物的土壤做苗床，进行幼苗培育，待幼苗长至8-10厘米时，再移栽到大田里。选用抗病品种；在地势高，排水良好的地块栽培番茄，定植前整平土地，防止因局部低洼，连雨天积水，形成发病中心；地膜覆盖栽培，栽植不宜过密，及早摘除黄、老、病叶。
药剂防治可选用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1000倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，每隔7天喷1次，连喷3~4次，每亩用药液50~60千克。如果早疫病和晚疫病混合发生，可用58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液。如果茎部有病斑，可用50%扑海因可湿性粉剂200倍液进行涂抹，效果更好。
