加强对种子检疫与处理，进入病害区的种子需用药漫种杀菌灭毒或用908杀菌剂喷洒后再播种。轮作种植有助于减少病害发生。改造酸性土壤，可在本地区建粉煤灰复合肥厂，从根本上改善酸性土壤和黏土质，提高农作物抗病、防病能力，缓解根肿病害。作物发病后可用药防治，也可在本地区建植物清洗剂自用农药生产厂，自产自供，解决农业病害危害。
选用抗根肿病的油菜品种，如华油杂62R、华双5R、圣光165R等，在易发地区优先选用。种子包衣处理可使用四川省农科院植保所专利配方药剂GZ1号种子包衣剂，风干后播种。在油菜根肿病严重地区，应进行苗床处理或苗期灌根处理，使用氰霜唑或氟啶胺。苗床翻耕后用氰霜唑1000倍液喷灌土壤，浅耕后播种；油菜播种后20天左右，用氰霜唑2000倍液或氟啶胺2000倍液灌根，有效减少根肿病发生；移栽油菜时结合定根水用氰霜唑2000倍液灌根。药剂防治关键时期是油菜三叶期，用敌黄钠盐500倍液、菌毒清200倍液隔10天灌根1次，连续防治2-4次，防效可达60%以上。播种期每亩用石灰50-75千克或碳酸钠25-35千克穴施，防病效果可达60%左右。
