羔羊痢疾由多种病原微生物引起，主要包括大肠杆菌、产气荚膜梭菌、沙门氏菌、轮状病毒和牛腹泻病毒等。该病多发生在7日龄以内的羔羊，尤其以2~4日龄羔羊发病率最高。病原可能是病毒、细菌或寄生虫，管理上则可能因饲料或环境问题引发，母羊的健康状况也是影响因素之一。
B型魏氏梭菌是两端钝圆的粗大杆菌，革兰染色阳性，无运动性，有芽孢，适宜发育温度为20℃~50℃，在发育过程中可产生致死、坏死和溶血毒素。芽孢型菌体抵抗力极强，可在牧场及畜舍周围土壤中存活数十年，能耐煮沸2~12分钟，3%的福尔马林可在15分钟内杀死芽孢，但对烧碱溶液抵抗力极强。此外，大肠杆菌和沙门氏菌也可引起初生羔羊下痢，需加以鉴别。
羔羊痢疾是由B型魏氏梭菌引起的初生羔羊急性毒血性传染病，以剧烈腹泻和小肠溃疡为特征。该病主要危害7日龄内的羔羊，可造成大批死亡，严重影响羔羊成活率。羔羊在出生后数日内，魏氏梭菌可通过吮乳、饲养员的手或羊的粪便进入消化道。在外界不良诱因下，如母羊怀孕期营养不良、羔羊体质瘦弱、气候寒冷、哺乳不当等，细菌大量繁殖并产生毒素，导致疾病发生。
羔羊梭菌性痢疾俗称红肠子病，是新生羔羊的一种毒血症，特征为持续性下痢和小肠溃疡，死亡率极高。由于小肠急性发炎，放牧员常称之为红肠子病。本病多发生于出生后1~3天的羔羊，较大的羔羊较少见。一旦某地区发生本病，未来几年内可能继续使3周以内的羔羊患病，表现为亚急性或慢性。初生羔羊肠胃功能较弱，在各种不利环境条件下，易受细菌侵害而发生痢疾。B型魏氏梭菌、大肠杆菌和沙门氏菌是引起羔羊痢疾的主要致病菌。
