木瓜根腐病预防措施包括：培育无病苗，选用适合的土壤种植，搞好排灌设施；实行轮栽，水旱轮作，至少要与非寄主作物轮栽，减少病菌初侵染源；注意田园卫生，及时烧毁病果、落果和枯叶；苗棚内要通风透气，透光，降地温湿度，苗地和种植地要排水良好，避免积水；避免连作，也不要与蔬菜地(特别前茬是葫芦科)连作，定植时不要种植太深。
在木瓜根腐病发病初期，可采用灌根方式施药防治根腐，用喷雾方式施药防治茎腐和果腐。对疫霉菌及腐霉菌引起的根腐病可选用的药剂有25%甲霜灵可湿性粉剂500~600倍液、72.2%普力克水剂500~800倍液和80%乙磷铝可湿性粉剂400倍液等；对于镰孢菌引起的根腐病可选用的药剂有70%恶霉灵可湿性粉剂、70%敌克松可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂等；按产品使用说明施于植株根部土壤中，每隔7~10天1次，连施2~3次。
