苋菜白锈病主要危害叶片。发病初期，叶片正面出现淡黄绿色至黄色点状病斑，逐渐发展为凹陷小黄斑，不规则形。叶片背面产生白色疱状孢子堆，圆形至不定形，破裂后散出白色孢子囊。严重时疱斑密布或连合，叶片凹凸不平，易脱落。茎秆被害时肿胀畸形，比正常茎增粗1～1.5倍。叶柄和嫩茎也能受害。
病斑和疱斑因叶色不同症状有显著差别。叶正面病斑不明显，边缘不明晰，可通过透光观察确认。青苋及紫苋叶绿色部分的病斑呈淡黄色或淡黄绿色，紫红色部分的病斑呈灰褐色、紫红色至暗紫色，有时略显凸起。叶背面病斑处生圆形、长圆形至不定形的疱斑，颜色与叶色相关：绿色部分为白色、污白色或淡黄色，紫红色部分呈亮紫红色。疱斑直径1－10mm，成熟后顶部破裂，散出白色粉末状物。病害严重时疱斑密集，叶片凹凸不平，继而黄褐色坏死，最后枯黄失去食用价值。疱斑多着生于叶背，叶正面也有出现。孢子囊散完后仍可见疱斑残余。叶柄上的疱斑白色，长圆形，边缘叶组织坏死。